【地质地貌】南靖县地处福建省南部，是山区丘陵县，整个地势由西北向东南倾斜，依次分为中低山、丘陵、台地和河谷平原4个地貌类型区。其中以丘陵为主，其次是中低山地，第三是台地和河谷平原。大小河流72条，总长1066千米，主要河流有船场溪、龙山溪、永丰溪3条，多年平均地表水径流总量为21.0亿立方米。全境地势自西北向东南倾斜，由博平岭、朝天岭、坂寮岭三列支脉组成，船场溪、龙山溪、永丰溪三条河流呈川字形贯穿全境，把全县切割成东、西、中三大块，形成若干向南开的马蹄形小环境。海拔千米以上的高山62座，海拔最高处1390.9米（书洋镇蛟塘岽），最低处6.1米（靖城镇沧溪村），地貌依次为丘陵占44.1%、中低山占39.6%、盆地和河谷平原占16.3%。气候温和，光照充足，雨量充沛，四季常青。耕地、山地土壤有机质丰富，肥力高。矿藏、动植物、水等资源相当丰富。 

【土地资源】根据南靖县（不含漳州市高新区）2023年度国土变更调查数据，全县国土面积186168.99公顷，其中农用地174071.84公顷，包括：耕地10446.15公顷，林地141150.51公顷，园地16734.89公顷，水库水面577.74公顷，坑塘水面902.3公顷，沟渠242.94公顷，农村道路1316.5公顷，其他土地2700.81公顷；建设用地9420.64公顷，包括：城镇村及工矿用地7033.09公顷，交通运输用地（不含农村道路）2190.75公顷，水工建筑用地196.8公顷；未利用地2676.51公顷，包括：其他草地624.46公顷，河流水面1786.67公顷，内陆滩涂240.84公顷，裸土地6.37公顷，裸岩石砾地18.17公顷 

【矿产资源】境内已探明矿产18种（不含建筑石料），其中能源矿产2种为地热、煤；金属矿产6种为铁矿、铜矿、锌矿、铝土矿、钼矿、稀土矿；非金属矿产9种为硫铁矿、水泥用灰岩、脉石英、高岭土、水泥用粘土、饰面用辉长岩、饰面用闪长岩、饰面用花岗岩、华安玉；水气矿种1种为矿泉水。共发现矿床56处（不含建筑石料），其中大型矿床2处（地热1处、华安玉1处）；中型矿床2处（钼矿1处、高岭土1处）；小型矿床39处（煤1处、地热12处、铝土矿1处、稀土矿5处、硫铁矿1处、水泥用灰岩1处、脉石英1处、高岭土1处、水泥用粘土2处、饰面用辉长岩1处、饰面用闪长岩1处、饰面用花岗岩8处、华安玉2处、矿泉水2处）；另有零星分散矿点13处（地热2处、铁矿3处、铜锌矿1处、稀土矿1处、高岭土5处、水泥用粘土1处）。

【森林资源】南靖县林地面积215.28公顷，森林蓄积量达833.77万立方米，森林覆盖率65.49%，全县林地面积占全县土地总面积的73.14％，位居全省全市前列，是福建省首批国家生态县、国家生态文明建设示范区、全国森林康养基地建设试点县，拥有虎伯寮国家级自然保护区和福建南靖土楼国家森林公园两张“国家级”生态名片。全县竹林总面积53.34万公顷，拥有“国家级出口食品农产品 （麻竹笋） 质量安全示范区”，林竹产业产值40.9亿元。2024年林下经济经营面积达60.0365公顷， 年产值18.72亿元，解决就业7万人。 

【水资源】南靖县河流属九龙江西溪水系，县境内西北部山区溪流密布，东南部河谷平原地区溪流较少。全县大小河流共有72条，总长度1066千米，主要河流有船场溪、龙山溪、永丰溪等三大水系。县境内流域总面积1961.58平方千米，外市、县入境的流域面积1529.92平方千米。县境内地表水多年平均水资源总量21.0亿立方米，其中平水年（P=50%）20. 86亿立方米，枯水年（P=90%）13.66亿立方米，偏枯水年（P=75%）16.72亿立方米，水资源量较为丰富。全县地下水资源量4.70亿立方米，县内有温泉14处，热水点年出水量为250.5万立方米。南靖县水资源开发利用主要是用于水力发电、农业、林业灌溉、工业用水以及人畜用水等几个方面。